Módulo 1: introducción al PVV e inicio de preparación de cDNA 

1) Desnaturalización del ARN previamente extraído a partir de muestras de suero de pacientes DENV positivo 

2) Síntesis de la primera hebra de ADN complementario (cDNA) 

3) Generalidades del pánel de vigilancia viral (PVV) de Ilumina 

4) Síntesis de la segunda hebra de ADN complementario (cDNA) 

5) Flujo de trabajo del pánel de vigilancia viral  

6) Recomendaciones clave 

7) Tagmentación, limipieza de la reacción de tagmentación y amplificación 

Módulo 2: preparación de librerías: limpieza, QC y mezcla/hibridación 

1) Limpieza (purificación) de la librería de secuenciación 

2) Control de calidad (QC) y normalización de la librería de cDNA 

3) Mezcla de librerías e hibridación de sondas (incubación nocturna) 

Módulo 3: enriquecimiento, amplificación y control de calidad 

1) Captura de fragmentos por hibridación con sondas 

2) Amplificación de la librería enriquecida 

3) Programación de corrida - Local Run Manager (LRM) 

4) Limpieza (purificación) de la librería enriquecida 

5) Cuantificación de la librería  

6) Control de calidad (QC) de la librería - descongelamiento de reactivos de secuenciación 

Módulo 4: preparación final y corrida de secuenciación

1) Agrupación de las librerías de secuenciación 

2) Desnaturalización y dilución de pools de librerías 

3) Configuración de los parámetros de secuenciación 

Módulo 5: Preparación de la muestra (amplificación del 16S)

Generalidades y fundamentos 

1) Preparación de amplicon 

2) Cuantificación y dilución de amplicon 

3) Reparación de extremos 

4) Asignación de Barcodes 

5) Cuantificación de amplicones con Barcodes 

Módulo 6: preparación de libreria y cargue de la muestra

6) Ligación de adaptadores AMII 

7) Cuantificación de librería  

8) Configuración de parámetros  

10) Montaje de la celda de flujo 

11) Configuración de los parámetros de secuenciación 

Módulo 7: análisis bioinformático 
Post evento 

1) Opciones en pipeline  

2) Basecalling  

3) Demultiplexing  

4) Quality filtering   

5) Asignación taxonómica  

6) Analisis y graficación 

Módulo 8: análisis bioinformático 
Post evento

Revisión de la corrida de secuenciación 

Aplicación DRAGEN para enriquecimiento microbiano en el Panel de Vigilancia Viral (PVV) 

Panel para preguntas y respuestas